Untuk mengembangkan minat dan bakat santri, SMPIQu Al Bahjah memfasilitasi dengan berbagai macam ekstrakurikuler diantaranya Science Club, bela diri, kaligrafi, hadroh, memanah, lingkar aksara, dan masih banyak lagi.
.
Pada hari terakhir kegiatan MPLS, seluruh ekstrakurikuler mendemonstrasikan progam yang akan dijalankan selama satu tahun ajaran dan mempersilahkan santri untuk memilih ekstrakurikuler yang diminati.
